一项涵盖过去5万年300多个基因组的基因组研究揭示了尼安德特人基因流入早期现代人类的单一浪潮是如何在人类进化中留下不可磨灭的印记的。在其他发现中，该研究报告称，现代人类获得了几个尼安德特人的基因，这些基因最终对我们的血统有利，包括那些与皮肤色素沉着、免疫反应和新陈代谢有关的基因。迄今为止，尼安德特人和丹尼索瓦人的基因组测序已经揭示了这些古人类和现代人类祖先之间的大量基因流动，尽管科学家们也报告说尼安德特人的祖先在基因组中分布不均匀。此外，基因组的某些区域——被称为古沙漠——完全没有尼安德特人的祖先，而其他区域则表现出高频率的尼安德特人变体，这可能是由于有益的适应性突变。然而，关于这种古老混合物的本质，包括遗传漂变或自然选择等进化力量在形成这些模式中所起的作用，仍然不清楚。Leonardo Iasi等人利用334名现代人的基因组数据，包括59名年龄在45000年至2200年之间的古代个体，以及275名来自不同全球人群的现代个体，对过去~5万年来现代人的尼安德特人血统变异进行了全面评估。Iasi等人发现，绝大多数尼安德特人的基因流动可归因于可能发生在50,500至43,500年前的一个共同的基因流动延长时期，这与现代人类和尼安德特人在欧洲重叠的考古证据是一致的。此外，研究结果表明，尼安德特人的祖先在基因流动后的100代内经历了快速的自然选择——无论是积极的还是消极的，尤其是在X染色体上。
